Καθώς συμπληρώνει 23 χρόνια λειτουργίας, η Κιβωτός του πατέρα Αντωνίου έχει κατακτήσει το status του αυτονόητου αποδέκτη, όχι μόνο εκκλήσεων για βοήθεια και παρέμβαση, αλλά και χορηγιών οποιασδήποτε μορφής. Από την εθελοντική εργασία και τη δωρεάν προβολή του έργου της έως τις υλικές προσφορές (σε τεχνικό εξοπλισμό, καύσιμα και αναλώσιμα, εισιτήρια και υπηρεσίες, πληρωμή ενοικίων κ.τ.λ. — ακόμη και με την παραχώρηση ολόκληρων κτιρίων ή απλώς χρημάτων), η ενίσχυση της Κιβωτού θεωρούνταν απολύτως ασφαλής, υπεράνω οποιασδήποτε υποψίας. Εξάλλου, με κάθε ευκαιρία τονίζεται ότι η μόνη πηγή εσόδων για την Κιβωτό του Κόσμου είναι οι δωρεές, εφόσο δεν χρηματοδοτείται, αμέσως ή εμμέσως, από δημόσιους φορείς.
Εκπέμποντας εμμέσως το μήνυμα ότι καμία δωρεά προς την Κιβωτό δεν σπαταλιέται, καμία δεν πάει χαμένη, ότι όλα «πιάνουν τόπο», πάντα προς όφελος των παιδιών που στερούνται και υποφέρουν. Και οι χορηγοί όντως συνωστίζονταν στο κατώφλι της Κιβωτού, καθώς η οργάνωση εντάχθηκε σε έναν ιδιότυπο «συρμό», τον οποίο επιχειρήσεις κάθε κατηγορίας και μεγέθους, μαζί με πλήθος μεμονωμένων πολιτών, διασήμων και αφανών, έσπευδαν να ακολουθήσουν.
Είναι ακριβώς τα ίδια πρόσωπα τα οποία πλέον συνωστίζονται στην έξοδο και την ταχύτερη δυνατή αποποίηση οποιασδήποτε σχέσης με την Κιβωτό. Ενδεικτικά, αμέσως μόλις δημοσιοποιήθηκαν οι καταγγελίες περί παρενοχλήσεων, κακοποίησης παιδιών κ.λπ, ο ΕΦΚΑ ανακοίνωσε ότι ματαιώνει την παραχώρηση ακινήτου στην Κιβωτό. Η τηλεπαρουσιάστρια Ρούλα Κορομηλά δήλωσε εξοργισμένη, συνειδητοποιώντας πλέον ότι η αγαθή προαίρεσή της και η προθυμία να πληρώνει ορισμένα ενοίκια χώρων που χρησιμοποιούσε η Κιβωτός την οδήγησαν εν αγνοία της στο να στηρίζει έναν φορέα αμφίβολης ηθικής επιφάνειας.
Οι αλλεπάλληλες βραβεύσεις, οι διακρίσεις, η διαρκής προβολή στα ΜΜΕ του φιλανθρωπικού έργου που επιτελεί περιθάλποντας εκατοντάδες παιδιά, εκλαμβάνονταν σαν πιστοποίηση ότι η Κιβωτός είναι μια νησίδα ανιδιοτελούς αγαθοεργίας, εστιασμένη στο παιδί και τη μητέρα. Εως σήμερα έχει αναπτυχθεί ένα δίκτυο παραρτημάτων ανά την Ελλάδα, καθώς ο οργανισμός της γίνεται ολοένα και πιο σύνθετος, πολυάνθρωπος και αντιστοίχως δαπανηρός. Μολονότι τα ακριβή οικονομικά στοιχεία της Κιβωτού «εθελοντικού μη κερδοσκοπικού οργανισμού μέριμνας και προστασίας μητέρας και παιδιού» δεν δημοσιοποιούνται, εύκολα συνάγεται ότι πρόκειται για έναν φορέα με κύκλο εργασιών πολλών εκατοντάδων χιλιάδων ευρώ — τουλάχιστον.
Η πρωτοβουλία του πατέρα Αντωνίου ξεκίνησε το 1998 από ένα πρώην καφενείο στον Κολωνό, το οποίο μετασκευάστηκε σε κέντρο φιλοξενίας και σίτισης παιδιών που, για διάφορους λόγους, είχαν καταλήξει στον δρόμο. Σήμερα, το διάγραμμα των επιμέρους τμημάτων που αποτελούν τον μηχανισμό της Κιβωτού είναι πολυδαίδαλο, καθώς τα πεδία στα οποία δραστηριοποιείται ο φορέας έχουν αυξηθεί και εξειδικευτεί. Επίσης, επεκτείνεται παράλληλα και ως προς τη γεωγραφική κάλυψη, με την ίδρυση κέντρων φροντίδας ανά την Ελλάδα. Η Κιβωτός προσφέρει σε καθημερινή βάση φαγητό σε 500 παιδιά, ενώ παράλληλα καλύπτει τις ανάγκες ένδυσης, υπόδησης, ιατροφαρμακευτικής περίθαλψης κ.ά. τόσο για τα ίδια τα παιδιά όσο και για τις οικογένειές τους — οι οποίες κατά το πλείστον είναι μονογονεϊκές.
Σχηματικά, η πρώτη και κύρια δραστηριότητα της Κιβωτού είναι η μέριμνα και φροντίδα για τη μητέρα και το παιδί, παρέχοντας βοήθεια μέσω κοινωνικών λειτουργών, συμβουλευτική, νομική και ψυχολογική στήριξη, στέγαση, παιδικό σταθμό, εκπαιδευτικά προγράμματα, παρακολούθηση ενός πρωτότυπου βιωματικού σχολείου, ημιαυτόνομη διαβίωση, διακοπές σε κατασκηνώσεις και εξορμήσεις, οδοντιατρική φροντίδα και τράπεζα αίματος.
Ο δεύτερος τομέας δράσης αφορά την παιδική προστασία καθαυτή, στην οποία εντάσσεται η φιλοξενία των άστεγων και εκτεθειμένων παιδιών, η κοινωνική και ψυχολογική στήριξη, η νομική προστασία και οι ψυχαγωγικές δραστηριότητες. Επίσης, ο πατήρ Αντώνιος έχει ιδρύσει την ομάδα μπάσκετ της Κιβωτού του Κόσμου, η οποία μετέχει στο τοπικό πρωτάθλημα της ΕΣΚΑ.
